Ces commissions peuvent être constituées, autant que de
besoin et à n’importe quel stade de la procédure d’élaboration et de mise en œuvre du SAGE.
Leur composition peut être élargie à des personnes extérieures à la CLE (acteurs et organismes non présents au sein de la CLE, experts, etc.) dans le but de favoriser le processus de concertation avec l’ensemble des acteurs du périmètre. Chaque commission peut comprendre entre une dizaine et une trentaine de membres, sans garder l’équilibre des 3 collèges de la CLE.
Ces commissions sont chargées de mener à bien toutes 
réflexions sur des problématiques géographiques prédéfinies, afin d’apporter les éléments nécessaires à la prise de décision par la CLE.
Dans le cadre du SAGE Cher aval, 3 commissions ont été créées :
- commission géographique « Cher canalisé et affluents »,
- commission géographique « Cher sauvage et canal de Berry »,
- commission géographique « Bassins versants du Fouzon et du Modon ».